בבעלות שפיר 4 מחצבות אבן מהגדולות בארץ, מחצבה בנחל עציונה, מחצבה בוואדי ערה ומחצבה בזנוח.
חומרי המחצבה מיוצרים בשיטות מתקדמות ובעזרת ציוד מהמתקדמים והמודרניים ביותר בעולם.
חומרי המחצבה מסופקים למפעלים, לפרוייקטים של שפיר ולגורמים אחרים.
- מחצבת עציונה - נחל עציונה, עמק האלה
- מחצבת זנוח - בקרבת בית שמש
- מחצבת ורד - עירון, ואדי ערה
- מחצבת נטוף - ליד הישוב נילי