בשנים האחרונות חלה התקדמות והתפתחות משמעותית התחום הרכבות במדינת ישראל, ושפיר כמובן לוקחת חלק משמעותי בפרוייקטים אלה.
מלבד פרוייקט הדגל של חפירת המנהרות עבור הרכבת המהירה לירושלים, שפיר סיימה כבר בהצלחה כמה פרוייקטים כגון מנהרת שפירים, וכמובן מעורבת בפרוייקטים נוספים עבור רשות הנמלים והרכבות.